¡¡En vaya embarcada te has metido, Last!! El planteamiento me gusta mucho y me recuerda a la planta de las catedrales de Saga de Géminis.
La parte trasera como dices, o cabecera, es algo que se las trae. Una buenísima solución es la del Capitán Trueno de su Domus Dei. Tiene algo de brico exin, pero lo justo.
Sobre las puertas de castillos en la fachada principal, yo dejaría los portones de madera bajo arcos de 8 puntos y flanqueados por piezas cilíndricas o ladrillos biselados. Aunque visto lo avanzado que tienes la catedral, no se si merece la pena meterse en esos berenjenales. Muy buenos los arcos apuntados.
Acerca del cimborrio -o cúpula sobre el crucero-, personalmente me encantó la solución de Sandmor en su Mausoleo de Smirna,
http://www.exincastillos.es/foro/mausol ... t2298.html
y con el mínimo de bricoexin.
Un saludo y ánimo en la empresa. No es fácil cuando se improvisa.